dsh-bioviewer

dsh plugin --profile web add dsh-bioviewer

dsh-bioviewer

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在 DeepSeek Harness 侧边栏里查看生物大分子、冷冻电镜密度图与小分子。插件向 dsh-better-sidebar 注册预览器，用 Mol\*（@molstudio/react）渲染，与 BioViewer VS Code 扩展 同一套 viewer。

功能

• PDB / mmCIF / Binary CIF、MRC 密度图、小分子，以及 Chimera .cmm 标记（可与密度图叠图）
• 所有格式支持 .gz；「BioViewer」tab 浏览工作区；跟随 DSH 明暗主题与界面语言
• 文件被改写时替换重载，不叠加
• 模型可用 bio_open 打开文件或数据库条目（pdb:1cbs、alphafold:P00533、emdb:EMD-1234）

截图

支持的格式

类别 · 扩展名 · Mol\* reader

结构 · pdb ent · pdb

结构 · cif mmcif mcif bcif · mmcif

体数据 · mrc map ccp4 · ccp4

小分子 · sdf sd · sdf

小分子 · mol · mol

小分子 · mol2 · mol2

小分子 · pdbqt · pdbqt

小分子 · gro · gro

小分子 · xyz · xyz

标记模型 · cmm · MolStudio 画成球与管

每个扩展名也都支持 .gz（1abc.pdb.gz、map.mrc.gz 等）。

安装

需要 DSH 0.2.2-rc.1 或更新版本（cordis 4.1.0、Node.js 24.9+）。

dsh plugin --profile web add dsh-bioviewer
dsh plugin --profile web add dsh-better-sidebar@latest

没有 better-sidebar 时插件会加载，但不显示 viewer。开发用本地检出：

bun install && bun run build
dsh plugin --profile web add "link:$PWD"

市场上架

插件会出现在读取 GitHub dsh-plugin topic 的市场，以及 awesome-dsh-plugin 目录。商店图见 screenshots.json。图标与 BioViewer VS Code 扩展 共用 resources/img/icon.png。

使用

侧边栏 + 菜单打开「BioViewer」，或从文件树 / 聊天链接打开受支持的文件。.gz 与未压缩文件用法相同。

Agent 打开

bio_open 的 target 是路径或 pdb: / alphafold: / emdb: 条目，打开新标签。bio_add 用同样的 target 把对象叠进当前 BioViewer（密度图叠结构、标记叠密度图、再开一个 PDB）。没有已打开的 viewer 时 bio_add 会先创建一个。title 可选。delivered: true 表示已到达客户端；false 表示侧边栏未挂载、已排队。不支持的扩展名会被拒绝，并列出可支持格式。

开发

Bun 1.4.4。bun run verify:fast 是 pre-push 与 CI 的门禁。架构与宿主契约见 [AGENTS.md](AGENTS.md)；规格见 [规格索引](specs/README.md)；[历史验证](docs/VERIFICATION.md) 不是当前验收。

bun install
bun run verify:fast

已知限制

工作区浏览器只列一层。

许可证

MIT