dsh-pubmed

dsh plugin --profile web add dsh-pubmed

dsh-pubmed

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给科研文献检索装上"实体级 + 证据链 + 全文可达"引擎：PubMed / Europe PMC / OpenAlex / PubTator3 / Semantic Scholar

五源一体的 DeepSeek Harness（DSH）插件，26 个原生模型工具，无 MCP 客户端、无付费代理、纯 JS 免构建。

你只管用自然语言提需求——"帮我找 XX 的文献，能下载的下载下来"——agent 会选对工具、串起流程、把结果摆到你面前。

检索结果自带摘要、被引数与开放获取标记，全文可达。

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目录

• [🚀 安装（2 分钟上手）](#-安装2-分钟上手)
• [为什么需要它](#为什么需要它)
• [六大功能模块](#六大功能模块)
• [典型场景串联](#典型场景串联)
• [配置](#配置)
• [无代理网络（大陆直连）](#无代理网络大陆直连)
• [给 Agent 的说明](#给-agent-的说明)
• [附录：26 工具速查](#附录26-工具速查)
• [安装与卸载（完整）](#安装与卸载完整)
• [版本历史](#版本历史)
• [要求](#要求)
• [License 与致谢](#license-与致谢)

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🚀 安装（2 分钟上手）

前置：先装 Node.js ≥ 20，再全局安装 DSH CLI（推荐，装完直接用 dsh 命令）：

npm install -g @deepseek-ai/dsh
dsh web        # 启动 DSH web 环境（未全局安装也可临时用 npx @deepseek-ai/dsh web）

启动后，一条命令安装本插件：

# 一条命令安装（官方 CLI，推荐）
dsh plugin --profile web add dsh-pubmed@latest
# 或从 GitHub：dsh plugin --profile web add github:aiyacharley/dsh-pubmed
# 或本机源码：dsh plugin --profile web add /path/to/dsh-pubmed

装完重启 DSH，pubmed_* 工具出现在所有会话。自检一条：

pubmed_spell_check({ query: 'microbiom' })    # → corrected: "microbiome"

零配置即可用；更多安装方式见文末[安装与卸载（完整）](#安装与卸载完整)。

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为什么需要它

做文献调研时，你大概率遇到过这几个痛点：

痛点 · 传统做法 · 结果

同义词漏检 · 搜 DOX 搜不到"阿霉素"、搜 HER2 漏掉 ERBB2 · 漏掉一半相关文献

噪音混入 · 关键词共现把"只是顺便提到"的文章也搜进来 · 读十篇只有一篇相关

证据链断裂 · 看到"某药可治某病"却不知道哪些文献支撑 · 不敢放心引用

全文难拿 · 有 OA 副本却要挨个网站找 PDF · 时间耗在搬运上

多平台割裂 · PubMed / EBI / Google Scholar 来回切、手工去重 · 碎片化、不可累积

dsh-pubmed 用 实体归一化、关系语义、证据回查、跨源去重、OA 全文直达 逐一回应这些痛点。

它不替你读文献，而是让你读到的每一篇都更可能是对的、且拿得到全文。

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六大功能模块

按模块组织，因为大多数时候你在 agent 场景下使用：你用自然语言说需求，agent 自动选择和串联工具。

每个模块给出：你怎么说 → agent 做什么 → 你得到什么。

模块一：文献检索 —— "这个方向到底有什么"

你说："帮我调研 gut microbiome 与代谢组学的研究"、"找 CLDN5 和失眠相关的文献"

agent 做什么：把你的说法归一到权威概念（"阿霉素" = MESH:D004317，免疫同义词/缩写/语种差异），同时查 PubMed + Europe PMC + OpenAlex 三个库，按 DOI/PMID/标题去重合并成一份列表。每篇自带摘要、被引数、是否开放获取（🟢OA）；语义检索模式直达"支持某关系"的文章，而不是关键词碰巧共现。

你得到：一份去重的文献列表——摘要 + 被引数 + OA 标记 + 多平台命中排最前；还能按年份过滤、按被引排序。

模块二：全文获取 —— "把论文拿下来读"

你说："把这几篇能免费下载的 PDF 下载下来"、"这篇文章全文讲了什么"

agent 做什么：优先取 PMC 结构化全文（分节正文，长文自动分页）；不在 PMC 的走 OA 三源聚合（Unpaywall 权威 OA 状态 + Europe PMC + OpenAlex）找 PDF 直链，经你确认后批量下载到本地（默认 ~/.dsh/dsh-pubmed-pdfs/，也可指定工作区目录）。出版社的"HTML 拦截页"会被自动识破并跳到下一个候选链接。

你得到：可直接引用的分节全文（含摘要与各章节），或落在本地磁盘的真 PDF 文件（文件名用 PMID/DOI，方便辨认）。

模块三：证据与关系 —— "X 和 Y 有什么关系"

你说："二甲双胍能治什么病？给我证据文献"、"CLDN5 和血脑屏障损伤什么关系"

agent 做什么：用 PubTator3 的全库 curated 关系网络拉出关系骨架（每条带文献数），再对目标关系回查支持文献 PMIDs；也能做布尔组合（@药物 AND @疾病）检验关联强度。

你得到：关系列表（treat/cause/inhibit/...，每条带证据数）+ 每条关系的支持文献 PMIDs——可审计、可引用。

模块四：知识图谱 —— "帮我把课题文献管理起来"

你说："把这个课题的文献管理起来"、"画一张图谱看看"、"这轮先存下来"

agent 做什么：每轮检索的文献自动并入当前课题图谱（关键词 + 带权威 ID 的实体概念 + 关系边），多轮累积、按课题隔离；随时生成 NPG 配色可视化卡片；满意后一键持久化到个人图谱（跨会话保留）。

你得到：一张图看清概念脉络、关系证据、覆盖方向——从"平铺的文献列表"变成"可累积的知识资产"。

模块五：跨领域与影响力 —— "不止 PubMed"

你说："这个方向有预印本吗"、"这篇被引多少"、"有没有类似的文章推荐"

agent 做什么：Europe PMC 补预印本/专利/非期刊源；Semantic Scholar 补被引数、论文推荐、标题精确匹配和全领域检索（不限于生物医学）。

你得到：更宽的覆盖面 + 影响力数据 + 相似文献推荐。

模块六：引用与整理 —— "帮我整理引用"

你说："这篇按 APA 和 BibTeX 引用"、"这个 DOI 对应的 PMID 是什么"、"参考文献里这条缺 ID 帮我找"

agent 做什么：五种引用格式一步生成；DOI/PMID/PMCID 互转；残缺引文（期刊/年份/卷/页/作者）反查 PMID；MeSH 词表与拼写纠正。

你得到：可直接粘贴的引用与准确的文献 ID。

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典型场景串联

场景一：课题调研全流程（真实案例：CLDN5 × 失眠）

以下是插件实测的真实执行记录。

你："帮我调研 CLDN5、ARRB2、NPRL2 三个基因与失眠相关的研究"

① agent 归一实体 → ② 语义检索发现：
   ⭐ PMID 37928369（2023）失眠患者血清 Claudin-5/ZO-1 水平的先导临床研究
      —— ZO-1 显著升高且与失眠严重度正相关（直接证据！）

你："哪些能免费下载？"
③ 检索结果标 🟢OA → 批量查 OA 链接 → 4 篇里 3 篇开放获取

你："下载下来"
④ PDF 落盘（PMID37928369.pdf 3.4MB ✓）
⑤ 闭源的那篇走 PMC 结构化正文继续精读

全程你只说了 4 句话。

场景二：药物重定位 / 机制假设扫描

"TP53 和哪些疾病有关系？"→ 关系骨架全谱 → "其中哪些是冷门方向？"→ 命中个位数的关联
→ "给这些方向找证据文献" → 语义检索钻取 → 图谱记录

场景三：选题新颖性检验

"这两个概念之间有关联文章吗？"→ 布尔检索命中个位数 = 可能是空白方向
→ "双平台交叉确认" → 统一检索去重 → 结论可信度倍增

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配置

bundle 运行时零配置即可用。可选配置建议写进 profile 的 patch 行 config（比环境变量更稳）：

# 你的 profile 文件，如 C:\Users\<你>\.dsh\profiles\<profile>\cordis.patch.yml
# 注意：补丁条目是【裸对象 { id, config }】，不要用 `- override:` 包装。
- id: pubmed
  config:
    NCBI_API_KEY: '<可选：NCBI API key>'
    # AUTO_GRAPH: false    # 默认 true：检索到的文献自动进知识图谱
    # PUBTATOR: false      # 默认 true：实体概念层
    # S2_ENABLED: false    # 默认 true：Semantic Scholar 工具
    # UNPAYWALL_EMAIL: '<可选：Unpaywall 联系邮箱>'
    # PDF_DIR: 'D:/papers' # 可选：PDF 下载目录（默认 ~/.dsh/dsh-pubmed-pdfs/）

配置项 · 默认 · 作用

NCBI_API_KEY · 无 · NCBI 限流提速（10 req/s）

AUTO_GRAPH · true · 检索到的文献自动并入知识图谱

PUBTATOR · true · 实体概念层（PubTator 概念 + curated 关系）

PUBTATOR_EDGE_EVIDENCE · true · 关系边附证据文献

PUBTATOR_RELATION_PROBE / _ARTICLES · 3 / 8 · 关系探测预算

EUROPEPMC_ENABLED / S2_ENABLED · true · 对应模块开关

S2_API_KEY · 无 · Semantic Scholar 免费key：1 req/s（无 key 共享 100 req/5min）

UNPAYWALL_EMAIL · 内置地址 · Unpaywall 联系邮箱（须真实邮箱）

PDF_DIR / DSH_PUBMED_PDF_DIR · ~/.dsh/dsh-pubmed-pdfs/ · PDF 下载目录

EUTILS_BASE_URL / PUBTATOR_BASE_URL / EPMC_BASE_URL / OPENALEX_BASE_URL / S2_BASE_URL · 官方端点 · 自建反代端点（v0.4.4 起覆盖全部五族数据源）

SKILL_DOC · true · Agent 路由技能自动注册

RELATION_ENDPOINT_REQUIRE_KEYWORD · true · 图谱关系边语义门

HEURISTIC_RELATIONS · true · 启发式关系层（false = 纯 curated 图）

限速、重试、OA 签名校验等均为内置行为，无需配置。

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无代理网络（大陆直连）

免费直连是本插件的定位。网络类失败自动指数退避重试，NCBI 不可达时检索自动切换 Europe PMC（其 MED 源即 PubMed 本体），报错区分"本地代理已挂"与"目标不可达"。极致稳定需求可配 *_BASE_URL 自建反代。

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给 Agent 的说明

随包附带 skills/dsh-pubmed/SKILL.md——激活时自动注册到 ~/.dsh/skills/dsh-pubmed/（DSH 扫描的技能 root）。新会话的 agent 会自动读到：26 个工具的完整路由规则、模块串联流程、OA 工作流、易错点清单。

你不需要记住任何工具名——用自然语言描述需求即可。如果你的 agent 需要了解调用细节，让它读 SKILL 或工具描述即可。

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附录：26 工

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