dsh-science

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dsh-science





面向 DeepSeek Harness 的 Claude Science 式科研工作台 —— 面向基因组 / 病原体 / 人类健康 / 生物信息项目。

一句话介绍：dsh-science —— 面向 DSH 的 Claude Science 式科研工作台：ReAct 研究循环引擎（research_ 工具）、带溯源的版本化工件（artifact_ 工具）、SSH 远程计算引擎（remote_* 工具，对应 Claude Science 的 Computer / Remote compute clusters），以及面向基因组/病原体/生物信息的 11 个科研技能。

• ReAct 研究循环引擎 —— research_init / research_state / research_hypothesis / research_experiment / research_findings / research_phase / research_review / research_report，状态持久化在 research-manifest.json（提问 → 假设 → 实验 → 观察 → 分析 → 结论 → 下一问题）。
• 版本化工件与溯源 —— artifact_save / artifact_list / artifact_show / artifact_diff / artifact_verify / artifact_deprecate / artifact_reproduce：结果存为 artifacts/<name>/v<N>/，附每文件 SHA-256、artifact.json 溯源（命令/输入/环境/envFile）与追加式 provenance.md。
• 远程计算引擎（SSH / 集群） —— remote_host_add / remote_host_probe / remote_host_notes / remote_run / remote_status / remote_logs / remote_pull / remote_cancel 等 16 个工具：用 ~/.ssh/config 别名连接实验室工作站或 HPC 集群（零安装、零第三方依赖），工作站以 detached 进程、SLURM 走 sbatch 运行长时生信任务，断连不杀；提交前默认要求审批，且首次使用某主机需项目级授权（审批后写入本项目白名单）；remote_status 批量监控并自动迁移状态（running→succeeded/failed/killed），结束后 remote_pull 拉回输出（超过阈值的大文件留在主机并记录路径）。
• 远程主机配置 UI（bundle/profile 级） —— 设置面板新增「远程主机」页（对应 Claude Science 的 Settings > Compute > SSH hosts）：主机列表/添加/探测/编辑/移除，以及各项目访问白名单与作业摘要。宿主侧 REST API（webServer 路由 /dsh-science/remote-hosts/*，engines/remote-hosts-ui.mjs）+ 客户端 bundle（client/remote-hosts-ui/，由 scripts/build-client-bundle.mjs 生成），与远程引擎共用同一套数据文件。需重启 web 进程生效（见 [docs/remote-hosts-ui.md](docs/remote-hosts-ui.md)）。
• 模型分档路由（Model Tier） —— 由配套 bundle [dsh-model-tier](packages/dsh-model-tier/) 提供：同一会话内自动把辅助请求（会话标题、压缩）与子任务分流到轻量档，主对话走默认档、复杂任务按规则升级到强档，各档位可指向不同 provider（如强档 GLM-5.3 / 主档 deepseek-v4-flash / 轻档 minimax-M3），对应 Claude Code 的 Opus/Sonnet/Haiku 分级策略；基于 DSH 原生 agent/request + llm/stream waterfall 扩展点，provider 未注册时自动 no-op。安装 dsh-science 自动携带，也可单独装到任意 profile（dsh plugin add dsh-model-tier）。
• 11 个科研技能 —— research-loop、science-project-setup、artifact-provenance、scientific-reviewer、literature-connector、parallel-delegation、manuscript-writing、bioinformatics-toolkit、conda-environments、data-inventory、remote-compute。

四个引擎插件零第三方依赖（只用 Node 内置模块 + 系统 OpenSSH，共享 engines/core.mjs），注册标准 cordis 工具；配套的 dsh-model-tier 路由同样是零依赖。

既可作 profile bundle 安装（dsh plugin add），也可作 agent preset（「科学模式」）安装。

v0.2.0 新增：模型分档路由（配套 bundle dsh-model-tier）

对应 Claude Code 的 Opus/Sonnet/Haiku 分级策略：同一会话内，辅助请求（`purpose ∈

{session-title, compaction}）与子任务（session.meta.origin === 'subagent'`）自动分流到

轻量档；主对话保持各自会话的模型选择（不干预）；深链子任务（`delegationDepth ≥

subagentDepthStrong）与超长输入（escalateOnChars`，可选）升级到强档。还可选开启

LLM 前置分类器（routing.classify）：每次用户提问 / 子任务派发前按复杂度分类

（执行 / 主力 / 深思）再路由。各档位为 {provider, model, reasoningEffort?}，可跨

provider 配置。

以独立 bundle [dsh-model-tier](packages/dsh-model-tier/) 发布 —— dsh-science

依赖它并在自己的 cordis.patch.yml 里挂载，它也可以脱离 dsh-science 单独安装到任意

profile（dsh plugin add dsh-model-tier）：

- id: model-tier
  name: dsh-model-tier
  config:
    tiers:
      strong: { provider: zai-coding-cn, model: glm-5.3 }
      default: { provider: deepseek-official, model: deepseek-v4-flash }
      light: { provider: opencode-go, model: minimax-m2.7 }
    routing:
      auxiliary: [session-title, compaction]
      subagents: light
      subagentDepthStrong: 3

• HOST 平面：挂在 profile bundle（cordis.patch.yml），非 agent preset；所有会话与子代理统一生效。
• 安全护栏：tiers 未配置 → 惰性 no-op；目标 provider 未注册 → 不路由；轻档失败自动回退原路由（辅助功能不挂）。
• 验证：node packages/dsh-model-tier/test/model-tier.test.mjs（路由决策矩阵单测，零依赖）+ bash packages/dsh-model-tier/scripts/test-model-tier.sh（E2E：轻档指向本地 mock LLM，断言标题请求真的被路由）。

v0.2.0 新增：远程计算（Remote Compute）

对应 Claude Science 的 Remote compute clusters / Computer 能力，工作机制对照其官方文档：

• 主机注册与只读探测：remote_host_add 用 ~/.ssh/config 别名（或 user@host；ProxyJump 等由 OpenSSH 自动处理），可选覆盖 port/identityFile；注册即探测 CPU/内存/GPU/CUDA/conda/module/Apptainer/sbatch/scratch 目录/SLURM 分区（remote_host_probe 重探测）。主机注册表在 $DSH_HOME/remotes/hosts.json。
• 作业提交：remote_run 把脚本与输入上传到 <scratch>/<jobId>/（默认 ~/dsh-scratch）；工作站以 nohup+setsid detached 进程运行（断连不杀），SLURM 集群自动走 sbatch（可 --time 超时）；默认超时 30 分钟；提交前默认经审批（等价于 Claude Science 的 "Run this job on <host>?" 卡）。
• 监控与反应：remote_status 批量探测（ps / squeue+sacct / done+exitcode 标记）并自动迁移状态；remote_logs 尾随日志；remote_pull 拉回输出、写 pulled-manifest.json（>100MB 大文件留在主机并记录路径）；remote_cancel 取消（进程组终止 / scancel）。作业注册表在 <项目根>/.dsh/remotes/jobs.json，跨会话持续。
• 主机 Details 文档：remote_host_notes 维护每台主机的备注（环境激活方式、分区/账号、约定），模型提交作业前会参考。
• 项目级访问白名单（允许访问的服务器列表，按 project 隔离）：任何会连接主机的操作（注册探测 / probe / exec / run）默认都要求主机已在本项目白名单（.dsh/remotes/allowlist.json）；首次使用弹审批，批准后按项目持久化（等价于 Claude Science 审批卡的 "This project" 作用域）。项目根按优先级探测 research-manifest.json（研究项目）→ .dsh（工作区）→ .git → 会话目录——同一工作区里的多个研究项目各自独立，授权不会跨项目泄漏（拿不到会话工作目录时授权路径 fail-closed）。remote_host_allowlist 审查、remote_host_revoke 撤销、remote_host_allow 显式授权（需审批）；requireHostAccess: false 关闭（无人值守）。

v0.1.1 加固（鲁棒性更新）

• 并发安全：manifest / 工件所有写操作经轻量文件锁（O_EXCL + 陈旧回收）串行 + 原子写（tmp+rename）——并行子代理不再互相覆盖 research-manifest.json / artifacts.json。
• 结构化错误码：ERR_NOT_INIT / ERR_NOT_FOUND / ERR_VALIDATION / ERR_PATH / ERR_QUOTA / ERR_LOCK_TIMEOUT / ERR_IO，不再吞成无类型字符串。
• 假设状态机（proposed → testing → supported/refuted/inconclusive）与阶段只前进（回退需配置 allowPhaseRewind）。
• manifest ↔ 工件打通：research_state 实时合并工件索引；artifact_save 回写清单 artifacts[]。
• **清单

…(truncated)